L'église Saint-Pierre se trouve à l'intérieur du domaine de l'abbaye. L'édifice existait avant la fondation de l'abbaye. En 1034, Geudoin fondateur de l'abbaye, cède deux églises à l'abbaye, les églises Notre-Dame et Saint-Pierre. De plus, une inscription découverte en 1841 dans l'église porte la mention de la consécration d'un autel au XIe siècle, à l'époque du premier abbé de Pontlevoy Ansbert. L'édifice se compose d'une nef, de deux bas-côtés, d'un choeur avec un transept terminé par une abside à trois pans et des absidioles. La nef a été refaite au XIXe siècle. Les parties les plus anciennes, le choeur, le transept avec son absidiole et le clocher datent des XII et XVe siècles. Le carré du transept voûté d'ogives supporte la tour du clocher. Au sud, dans l'angle formé par l'abside et le transept, se trouve une tourelle d'escaliers polygonale. Elle dessert le clocher. Une voûte d'ogives à six branches couvre le choeur, la clé représente saint Pierre. Des contreforts flanquent les murs des absidioles.